由于在载客量问题上无法达成共识，菲律宾和台湾关于民航航权谈判已于7月31日宣告破裂。菲律宾随即单方面宣布中止菲台航权协议，并向台方发出通知：往返于马尼拉与台北之间的台湾“华航”和“长荣”的航班须自10月1日起停飞。
现行的菲台航权协议是1996年在菲前总统拉莫斯执政时期由菲台双方签署的民间协议。根据该项协议，台湾的“华航”每周有28班客机飞行马尼拉与台北之间，“长荣”每周也有11班客机飞行这一航线。但菲律宾航空公司（菲航）和其他菲律宾民航公司的客机则不能在马尼拉与台北之间飞行。此间舆论认为，这是拉莫斯放弃国家权益，单方面开放天空，给予外方航空公司过分的优惠，造成菲台之间航权不平等的结果，也是多年来菲航一直亏损的主要原因之一。
为了菲航的生存与发展，菲现任总统埃斯特拉达决定改变单方面开放天空的政策，要求与外方公司，包括要求与台湾的“华航”与“长荣”公司修订民航协议，落实选择性的天空开放政策，使菲航有公平竞争的机会。正好1996年菲台双方签署的民航协议今年7月底到期。在谈判延长该协议期间，菲方提出要修订协议，因为这是一个不平等的协议。菲方还指出，现行协议规定，“华航”客机应是空中巴士客机，然而“华航”未经菲方同意却擅自使用座位较多的波音747客机，使其每周的乘客超过了协议允许的9600名的限额，尤其是台方未获授权竟将乘客从马尼拉运往美国，并削价抢夺菲航从马尼拉飞往美国和香港的乘客。根据这种情况，菲方提出在新的协议中仍可保留现协议规定的台方每周有9600名乘客的限额，但台方只能使用4000个名额，其余的名额所获利润应与菲方分享。台方不同意菲方的提议，仍坚持9600个名额的利润全属它所有。双方僵持不下，谈判终告破裂。
在谈判破裂之后，菲方立即宣布废除现行协议，并在60天生效。台北辩称，根据国际惯例，废除协议应在通知12个月后生效，但菲方强调菲恪守一个中国政策，菲台民航协议只是民间协议，应依照菲国法律对协议进行规范，只需60天的通知就可以了。
菲方的强硬态度激怒了台方的谈判代表，他们扬言要对菲这种单方面毁约行为采取报复措施，在贸易、投资、旅游和菲劳工入台等方面对菲进行制裁。此间舆论指出，如果台湾真的实施制裁，且不说贸易、投资和旅游等会给菲造成巨大的经济损失，仅就菲近12万劳工被台赶回来一项，不但会增加菲的失业，而且每年还将使菲的外汇收入减少约9亿美元。尽管如此，本月2日菲总统埃斯特拉达仍然针锋相对地发表声明说，菲将坚守立场，不怕台的威胁，因为台方先违反协议。统计表明，如果台方制裁菲，使马尼拉与台北之间断了航线，台方也会蒙受损失。目前“华航”自台北和高雄飞马尼拉的航线，每月收益约为300万美元，这还不包括从香港飞马尼拉的收益。由此可见，菲台断航将会是两败俱伤，对谁也没有好处。更为重要的是，在断了航线之后，菲台两地的旅客就要绕道往返，将给旅客造成极大的不便。
就目前情况看，尽管在航权之争中菲台双方各持己见，互不相让。但是双方都既不愿意断航，又都要维护各自的利益，因此，要想重开谈判，续签新约，双方不作妥协是难获共识的。
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